违法养殖的管理部门主要涉及以下几类：
环境保护主管部门
负责对在城市市区范围内违反规定修建畜禽养殖场或养殖小区的行为进行遏制，相关责任人不服从制止决议的，处以罚款，并上报当地县市级及以上人民政府，请求采取强制措施，对养殖场所进行拆除或关闭。
对于在禁止养殖区域内建设畜禽养殖场、养殖小区的行为，由县级以上地方人民政府环境保护主管部门责令停止违法行为，拒不停止违法行为的，处3万元以上10万元以下的罚款，并报县级以上人民政府责令拆除或者关闭。
畜禽养殖场、养殖小区依法应当进行环境影响评价而未进行的，由有权审批该项目环境影响评价文件的环境保护主管部门责令停止建设，限期补办手续，逾期不补办手续的，处5万元以上20万元以下的罚款。
农牧主管部门
畜禽养殖场的动物卫生监管归农口下的动物卫生监督机构管理；养殖场的投入品监管归属农口下的农业行政执法管理；养殖场的环境相关方面归属环保局管。
县级以上地方人民政府畜牧兽医行政主管部门负责本行政区域内的畜牧业监督管理工作。
土地行政主管部门
占用耕地养殖应该向土地行政主管部门举报，由其责令限期改正或者治理，可以并处罚款。
如果养殖场建在敏感区域或违反了土地使用规定，可以向当地国土局或农业局举报。
林业部门
无论是哪种形式的养殖方式，但凡涉及到在林地上发展项目的，都需要经过当地林业部门的批准。
12369环保举报热线
这是一个专门用于环保举报的热线，可以通过电话进行举报。
当地检察院
如果养殖场的污染行为涉嫌违法，也可以向当地检察院举报。
综上所述，违法养殖的管理部门包括环境保护主管部门、农牧主管部门、土地行政主管部门、林业部门、12369环保举报热线和当地检察院。具体向哪个部门举报，可以根据养殖场的具体情况以及违法行为的性质来选择。