违法养殖的管理部门主要涉及以下几类：环境保护主管部门负责对在城市市区范围内违反规定修建畜禽养殖场或养殖小区的行为进行遏制，相关责任人不服从制止决议的，处以罚款，并上报当地县市级及以上人民政府，请求采取强制措施，对养殖场所进行拆除或关闭。对于在禁止养殖区域内建设畜禽养殖场、养殖小区的行为，由县级以上地
