农村社保住院报销的流程如下：
在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构就诊
患者可凭本人有效证件和医疗卡，经确认身份后，直接刷卡报销。
在区内及区外市内定点医疗机构住院
出院结算时可直接刷卡报销。
在市外二级及二级以上公立医院住院治疗
患者应在出院后的3个月内，携带医疗费用原始发票、住院医疗费用汇总明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、患者身份证、户口簿、经办人身份证到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。
特殊病种门诊报销
患者可持二级及二级以上定点医疗机构出具的病例及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》向新农合业管中心提出申请，经审核批准后，其门诊医药费用可以列入新农合基金的报销范围，按住院报销标准以年度为单位进行报销。
因意外伤害住院
患者出院后需提交有户口所在村（居）签字盖章的意外伤害引发的原因确认证明以及医院的病案记录。无法提供有效证明及记录的，不予受理。
在本地就医
出院时可以直接报销，住院费只需支付个人自付部分。医院无法直接报销时，需携带身份证、户口本、病例、住院记录及医药费清单等材料到当地医保中心申请报销。
异地就医
不仅要携带上述材料，还需提供工作证明才可以报销。
报销流程总结
参保患者持合作医疗证到定点医院就医，由医生开具住院证明，主治医生核对病人合作医疗证、身份证、户口本原件及复印件并签字后，到新农合窗口办理住院登记。出院时，患者或其家属携带本人身份证、医保卡、住院发票、出院记录、费用清单等材料，前往医院的医保结算窗口进行报销结算。工作人员会对提交的材料进行审核，计算可报销的金额，患者只需支付自付部分费用。
建议：
患者在住院前应确认所选医院是否为当地的定点医院，以确保医疗费用可以得到医保的报销。
报销过程中，患者需妥善保管所有相关的医疗费用发票和单据，以便在需要时能够及时提供。
对于特殊病种或意外伤害的情况，患者应提前了解相关政策和所需材料，以确保顺利报销。