审计查发票的方法主要包括以下几点：
了解和熟悉发票种类
发票主要分为普通发票和增值税专用发票两类。
普通发票主要由营业税纳税人和增值税小规模纳税人使用，增值税一般纳税人在不能开具专用发票的情况下也可使用普通发票。
锁定假发票产生的重点领域
根据购买商品种类确定发票类型并发现假发票。
根据业务性质发现假发票，如会议费、咨询费、宣传费以及办公用品等名义套取资金的业务。
关注税务代开发票，正常情况下，单位应该是发票的开具人，实际中若税务机关代开发票的纳税人为企事业单位，则需要引起重视。
运用多种技术手段查询
网络查询：全国所有国税、地税税务机关均在网上开通了查询发票的功能，可以在各级税务网站上找到查询发票的入口，根据发票的类型输入相应的发票代码、发票号码以及验证码等相关信息后查询。
电话查询：可以通过拨打当地12366纳税热线，向税务机关咨询。
税务局网站查询：税务局网站有发票真伪查询系统，输入发票代码和发票号码就能查到是哪个地区哪个公司开出的发票。
综合分析鉴别辨认
检查发票自身的合法性：根据《中华人民共和国发票管理办法》及相关法律法规的规定，使用规定的合法票据并一律套印省团级以上税务机关或财政机关的发票监制章的，视为合法凭证。对发票自身合法性有疑问的，可以采用直接核对法或函调法，咨询出具发票地方税务机关的专业人员。
检查发票内容的真实性：包括笔迹鉴别法、票面规范确认法、金额判断法、逻辑分析法、证物核对法、询问核对法等。
检查发票的合理性：检查发票所载业务内容与企业生产经营活动是否有联系，商品价格是否合理，商品数量是否与企业规模相匹配等。
审查发票报销手续的完整性：查看经办人、批准人等是否按照规定依次签字，领导人有无越权审批，对连号票据要考虑是否存在买卖串通、化整为零的嫌疑。
其他注意事项
查看发票的日期，确保发票日期是当年的，跨年度的发票不应接收。
查看发票的单位名称，确保与单位的营业执照、税务登记证上面的名称一致。
查看发票的监制章，确保发票正上方写有某某地方的税务发票字样并有税务监制章字样。
查看发票的金额，确保大小写一致且无涂改。
查看发票的摘要，确保内容清楚且非空白。
查看发票的印章，确保有开具发票单位加盖的印章。
通过以上方法，审计人员可以有效地查出不合规发票，确保审计工作的准确性和公正性。