在离婚案件中，有两个孩子的抚养权判决通常遵循以下原则：
双方协商一致
如果夫妻双方在离婚时能够就孩子的抚养权问题达成一致意见，法院会尊重双方的意愿，并按照双方的协议出具判决书。
一人抚养一个孩子
如果双方不能就孩子的抚养权问题协商一致，法院通常会判决一人抚养一个孩子。这种判决方式较为常见，法院会根据夫妻双方的抚养能力、经济条件、孩子的年龄、性别、生活习惯等因素，综合考虑后作出决定。
特殊情况
对于两周岁以下的子女，一般以随母亲生活为原则，除非母亲存在不适合抚养孩子的情况，如患有严重疾病或其他严重疾病。
对于两周岁到八周岁之间的子女，法院会综合考虑双方的经济条件、生活环境、教育背景、与孩子的感情联系等因素，以判断哪一方更有利于孩子的成长。
对于八周岁以上的子女，法院会尊重他们的真实意愿。如果孩子明确表示愿意跟随某一方生活，法院通常会尊重孩子的选择。
抚养费问题
除了抚养权的判决外，法院还会判决不直接抚养孩子的一方支付抚养费。抚养费的数额和支付方式会根据双方的协议或者法院的判决来确定。
建议
提前协商：夫妻双方在离婚前应尽量就孩子的抚养权问题达成协议，以避免诉讼过程中的纠纷和不必要的法律程序。
收集证据：如果无法协商一致，应提前收集相关证据，如经济状况、居住环境、孩子的意愿等，以便在法庭上有充分的证据支持自己的主张。
法律咨询：在离婚过程中，建议咨询专业律师，了解相关法律规定和诉讼程序，以便更好地维护自己的权益。