小作坊申请QS认证（食品生产许可证）的流程如下：
准备申请材料
营业执照或企业名称预先核准通知书。
与所生产产品相适应的专业技术人员和检验检疫手段。
与所生产产品相适应的生产条件，如生产厂房的土地证或相关建设用地的手续。
与所生产产品相适应的技术文件和工艺文件。
健全有效的质量管理制度和责任制度。
产品符合有关国家标准、行业标准以及保障人体健康和人身、财产安全的要求。
符合国家产业政策的规定，不存在国家明令淘汰和禁止投资建设的落后工艺、高耗能、污染环境、浪费资源的情况。
法律、行政法规有其他规定的，还应当符合其规定。
咨询与确认
选择一家资深的QS认证服务机构，咨询相关信息，了解工作流程、申请条件、审核标准和流程等。
根据QS认证标准要求，确认自己的加工场所、设备、技术和管理符合QS认证要求，并知悉质量安全体系文件的编制要求。
填写申请书
在本省质监局网站上下载《食品生产许可证申请书》以及所申报产品所属单元的《审查细则》。
根据《审查细则》上的要求，针对自己的厂房、设备、文件资料是否齐全，产品是否有检测报告等要求进行检查、整改、完善。
填写《食品生产许可证申请书》，上报质量技术监督局。
提交申请材料
递交申请材料，包括《食品生产许可证申请书》、工商营业执照、食品卫生许可证、企业代码证复印件、企业厂区布局图和生产工艺流程图、企业产品标准、企业质量管理文件等。
审核与现场审查
质量技术监督部门在接到企业申请材料后，在15个工作日内组成审查组，完成对申请书和资料等文件的审查。
企业材料符合要求后，发给《食品生产许可证受理通知书》。
企业书面材料合格后，按照食品生产许可证审查规则，在40个工作日内，企业要接受审查组对企业必备条件和出厂检验能力的现场审查。
现场审查合格的企业，由审查组现场抽封样品，并在10个工作日内将样品送达指定的检验机构进行检验。