工程管理费的计算方式有以下几种：
按项目总造价比例计算
这是最常见的方法，通过项目总造价乘以一定比例（通常在5%至15%之间）得出管理费。例如，一个总造价为1000万元的项目，按10%的比例计算，管理费则为100万元。
按实际管理成本计算
这种方法需要详细记录和核算每一项管理活动的费用，包括人员工资、办公费用、交通费用等。这种方法虽然精确，但操作起来较为复杂。
参考行业标准计算
某些情况下，可以根据行业惯例或合同约定，选择行业标准的比例来计算管理费。例如，有些大型基础设施项目可能会选择较高的比例，而普通的房屋建筑项目则可能选择较低的比例。
按工程进度款比例收取
在工程的不同阶段，按照实际完成的工程量比例进行收费。这种方式可以根据工程的进度来调整管理费，更加灵活。
剔除人工费后按比例收取
有些公司会在总造价中剔除人工费后，再分别按5%、8%或10%来收取管理费。人工费一般要占到半包工程造价的一半左右。
综合费率计算
管理费还可以与利润、规费和税金一起计算综合费率，综合费率通常为（管理费+利润）/清单工程量。
在选择具体的计算方式时，应综合考虑项目的规模、复杂程度、合同约定以及行业惯例。同时，为了确保计算的准确性和合理性，建议详细记录所有相关费用，并在必要时进行审计和核算。