当驾驶证在一个记分周期内两次扣满12分时，驾驶人需要按照以下步骤处理：
暂扣驾驶证
驾驶证在一个记分周期内两次扣满12分，会被暂扣驾驶证。
学习和考试
驾驶人需要在十五天内到车管所参加学习，并考试科目一（理论考试）和科目三（实际驾驶考试）。
学习后，车辆管理所会在二十日内对其进行道路交通安全法律、法规和相关知识考试。考试合格的，记分予以清除，发还机动车驾驶证；考试不合格的，继续参加学习和考试。
如果拒不参加学习，也不接受考试的，由公安机关交通管理部门公告其机动车驾驶证停止使用。
交罚款
需要拿着违法确认书去车管所制定的银行去交罚款。一般在自动取款机就可以办理。
处理流程
准备材料：需要准备好身份证件及其他必要材料。如果只是被电子眼拍照，还需拿行驶证；如果是超速违章，要准备行驶证、驾驶证及各自的复印件一份；如果是挨贴条了，要拿着处罚处罚决定书和行驶证。
去车管所：准备好材料后，去车管所查一下是不是真的违章了，看看照片，然后填写违法确认书。
总结：
驾驶证在一个记分周期内两次扣满12分，驾驶人需要暂扣驾驶证、参加学习和考试、交罚款。拒不参加学习或考试的，驾驶证将被停止使用。建议尽早处理，以免影响驾驶资格。