处理违建厂房的步骤通常包括以下几个方面：
调查取证
由城乡规划主管部门或相关执法部门对违建工地进行调查询问、现场勘验，确认是否违法违规。
责令整改
对确认的违建工地，由相关部门责令停止建设，并公告限期当事人自行拆除或改正。
行政处罚
若当事人逾期不改正或拆除，由相关部门依法作出行政处罚决定，包括罚款、没收违法建筑等。
强制执行
当事人仍不履行处罚决定的，由县级以上地方人民政府责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等进一步措施。
法律救济
违建厂房的所有人可以通过申请复议或者直接提起行政诉讼进行权利救济。
专业律师介入
聘请专业律师介入，给拆迁方施加压力，将僵局打破拉回谈判桌，并在专业律师的指导下做好搜集强拆证据的准备，比如报警、拍照、录像等。
合法化手续
与相关部门协商，了解违建情况，明确违建的范围和问题，然后申请合法化手续，如补办建设许可证、依法办理土地使用证等，以便让违建变为合法建筑。
整改和改造
根据违建的具体情况，进行整改和改造，可以根据相关法律法规和要求，对建筑结构、外观等进行调整或重建，以使其符合规定要求。
罚款和赔偿
违建属于违法行为，可能面临罚款和赔偿的风险。在与相关部门协商时，需了解具体的处罚情况和相应的赔偿方式，并按要求支付罚款和赔偿。
合作与配合
必要时要与相关部门建立良好的沟通与合作关系，积极配合相关部门的工作，主动采取建设性的行动，以便尽快解决违建问题。
取证和证明
为了辩护和证明行为的合理性，可以收集相关的证据，如施工合同、支付凭证、建筑图纸等。这些证据可以在协商和申诉过程中起到辅助证明的作用。
建议企业或个人在面临违建厂房处理时，尽早与相关部门沟通，了解相关法律法规，寻求专业法律援助，并采取合适的措施进行整改或合法化，以避免不必要的法律风险和经济损失。